meercelligheid

In de natuur komen veel netwerken van levende cellen voor. Ze blijken aanmerkelijk slimmer te zijn dan informatici tot nu toe dachten. Bron: PNNL Nat. Lab.

Netwerken levende cellen kunnen berekeningen uitvoeren

Netwerken van levende cellen kunnnen even efficiënt rekenen als via internet gelinkte computernetwerken, bewezen computerwetenschappers.

Distributed computing
Het hart van computers bestaat uit drie rekeneenheden: het geheugen, de centrale processor en de cache, waarin de rekendata worden opgeslagen. Het feitelijke rekenen gebeurt in de centrale processor. In feite is dat niet zo handig. In de processor wordt heel veel warmte geproduceerd (koeling wordt een steeds groter probleem). Geen wodner dat ‘distributed computing’ steeds populairder wordt. Niet één, maar vele rekeneenheden voeren de berekeningen uit, waarbij berekeningen in stukjes worden geknipt. Rekencentra maken graag gebruik van de rekencapaciteit van de miljoenen computers op internet, bijvoorbeeld via het bekende Seti@Home en Einstein@home programma.

De natuur ging ons hier voor: ons brein bestaat bijvoorbeeld uit honderd miljard neuronen die zowel het geheugen vormen als de processoren.

In de natuur komen veel netwerken van levende cellen voor. Ze blijken aanmerkelijk slimmer te zijn dan informatici tot nu toe dachten. Bron: PNNL Nat. Lab.
In de natuur komen veel netwerken van levende cellen voor. Ze blijken aanmerkelijk slimmer te zijn dan informatici tot nu toe dachten. Bron: PNNL Nat. Lab.

Message passing model
De conventionele manier om deze systemen op te zetten is via onafhankelijke Turing machines (zoals pc’s), verbonden met een netwerk (bijvoorbeeld internet) waarover ze lange berichten uitwisselen. Dit ‘message passing model’ wordt door de al eerder genoemde rekenprojecten zoals SETI@home and Einstein@home toegepast.

Gedistribueerd rekenen voor domme netwerken
Dat werkt heel aardig voor een geavanceerd netwerk als internet, maar veel in de natuur of in de technosfeer voorkomende netwerken zijn veel te beperkt voor dit soort lange boodschappen. Ook zijn hun knooppunten, bijvoorbeeld neuronen, te ‘dom’.  Een biologisch cel, om een voorbeeld te noemen, kan maar beperkte hoeveelheden informatie verzenden en ontvangen en eenvoudige vormen van informatieverwerking toepassen.

Een netwerk van cellen kan alleen erg gemakkelijke gedistribueerde berekeningen uitvoeren. Aan de andere kant: ook ons brein en dat van andere hoogontwikkelde levensvormen bestaat uit ‘domme’ cellen en het rekenvermogen van ons brein stelt dat van supercomputers voor veel taken nog steeds in de schaduw. Zeker als je let op de compactheid van ons brein. Kortom: ook een ‘dom’ netwerk kan heel wat. De vraag is uiteraard welke vormen van berekeningen op dit netwerk dan wel mogelijk zijn.

‘Domme’ netwerken blijken opvallend slim
Yuval Emek, Jasmin Smula en Roger Wattenhofer van het Zwitserse  Federale Instituut voor Techniek in Zürich lijkt het antwoord te hebben gevonden. In hun woorden: “We geloven dat er behoefte is aan een netwerkmodel, waarvan de knooppunten minder kunnen rekenen en communiceren dan Turingmachines“. In hun artikel modelleerde ze het rekengedrag van een netwerk van deze sub-Turing machines, die ze “eindige staat machines” noemen. Ze laten zien dat een netwerk van eindige-staat machines bepaald niet gehandicapt is en in staat is veel van de standaard problemen in gedistribueerd rekenen  op te lossen. Sterkr nog: deze netwerken blijken het werk minstens zo efficiënt te kunnen doen – in een tijd die poly-logaritmisch afhankelijk is van (dus sterk terugloopt met) het aantal rekenknooppunten (i.e. cellen).

Nieuwe biologische computers
Dit kan verreikende consequenties hebben. Als we leren hoe we netwerken cellen kunnen laten rekenen en samenwerken, kunnen deze cellulaire netwerken ook algemene problemen in biologische systemen zoals vooruit plannen, een pad zoeken en dergelijke uitvoeren.

Het nieuwe model kan ook op een meer prozaïsche manier worden gebruikt: de effectiviteit van sensoren voorspellen, bijvoorbeeld, die sterk worden beperkt door het beschikbare vermogen. De drie auteurs stellen in essentie de vraag: rekenen en communiceren kleine knooppunten op dezelfde manier als een computer? En beantwoorden deze bevestigend. Welke verborgen informatieverwerkende netwerken zouden zich in de natuur verborgen houden?

Zouden eencelligen slimmer zijn dan we tot nu toe dachten? En zouden er meer intelligente netwerken voorkomen op plaatsen waar we nog niet hebben gezocht?

Lees ook
Intelligent eencellig leven
De slijmzwamcomputer
Het Voronoi automaton

Bron
Emek et al., Stone Age Distributed Computing, ArXiv.org (2012)

Slijmzwammen bestaan uit samenwerkende eencelligen. Het eerste meercellige leven begon denkt men ook op deze manier.

‘Kankergezwel is oeroud dier’

Volgens een aantal onderzoekers is kanker een overblijfsel uit de tijd dat er nog maar net meercellige dieren bestonden. Een eencellig dier zal zich zo vaak het kan delen. Kan kanker genezen worden door dit oeroude precambrische mechanisme uit te schakelen?

Eencelligheid was de norm
Het leven bestaat op aarde al bijna vier miljard jaar, maar het grootste deel van die tijd, gedurende meer dan twee miljard jaar, was het ingewikkeldste organisme op aarde de stromatoliet, een bacteriekolonie die een soort levende rotsen vormt en nu nog in bepaalde extreme milieus voorkomt.

Slijmzwammen bestaan uit samenwerkende eencelligen. Het eerste meercellige leven begon denkt men ook op deze manier.
Slijmzwammen bestaan uit samenwerkende eencelligen. Het eerste meercellige leven begon denkt men ook op deze manier.

Pas toen de zuurstofgehaltes voldoende hoog waren, veronderstellen wetenschappers, ontstond er een energiebron die krachtig genoeg was om ingewikkelder, meercellige organismen in leven te houden. Dit tijdstip lag iets voor het begin van het Cambrium, het tijdperk waarin (m.u.v. de raadselachtige Ediacara-fossielen) de vroegste fossielen van meercelligen zijn aangetroffen. Kortom: in de lange evolutionaire geschiedenis van het leven hebben onze voorouders verreweg het grootste deel van de tijd als eencellige doorgebracht.

Grote Samensmelting
Na de Grote Samensmelting – een gebeurtenis waarbij verschillende bacteriën de eerste cellen met celkern en gespecialiseerde orgaantjes zoals mitochondrieën vormden – werd pas de stap tot meercellige mogelijk. Meercelligheid betekent dat het organisme veel meer DNA moet bevatten. Nu pas kon dat omdat één van de samenwerkende bacteriën – die zich tot celkern zou ontwikkelen – kon leven van de energie die andere bacteriën produceerden.

Altruïsme essentieel voor meercelligheid
Meercelligheid maakte veel ingewikkelder en veelzijdiger organismen mogelijk. Dit kon alleen omdat individuele cellen hun neiging tot zelfbehoud verloren en zich in dienst stelden van het lichaam als geheel.  Een belangrijk onderdeel hiervan is dat ze alleen delen op tijdstippen dat dat voor het organisme als geheel het beste uitkomt. Sommige cellen plegen tijdens de embryonale ontwikkeling zelfs zelfmoord (apoptose).

Dier temt cel
De evolutie van één- naar meercellige ging vermoedelijk in tussenstappen. Misschien dat de eerste meercelligen, net als slijmzwammen nu, alleen in ongunstige situaties één organisme vormden. Daarna vormden zich gespecialiseerde weefsels (ook deze komen al in slijmzwammen voor, die in feite “overdoen”  wat onze verre voorouders eerder deden). De coördinatie tussen de cellen moet daarna in de loop van miljoenen jaren steeds permanenter en beter zijn geworden.

De duivelse doortraptheid van kankergezwellen
De vernuftige listen waarvan vele soorten kankers zich bedienen om zich uit te breiden, zijn veel te ingewikkeld om door toeval tot stand te zijn gekomen. Kankercellen vertonen namelijk een opmerkelijk gestructureerd gedrag. Ze verspreiden zich niet zoals bacteriën lukraak, maar vormen kolonies, tumoren, die een vorm van organisatie kennen. Ze vormen uitlopers, bloedvaten en andere organen met als doel zichzelf in leven te houden. Sommige cellen laten juist los en zaaien zich uit in de rest van het lichaam: metastase. Ze zijn vaak in staat om zich te verdedigen tegen gifstoffen.

Schrijver dezes vermoedde daarom dat wellicht zeer grote, ingewikkelde virussen zoals het kankerverwekkende Epstein-Barr virus en menselijk wrattenvirus op de een of andere manier een cel kapen en dit door middel van hun ingewikkelde DNA aan kunnen sturen als een biologische robot.

‘Kankergezwel is oeroud dier’
Astrobioloog Charles Lineweaver en Paul Davies, van oorsprong theoretisch natuurkundige, hebben een eleganter mechanisme bedacht. Diep in ons DNA liggen nog steeds de oeroude genen begraven die honderden miljoenen jaren geleden onze voorouder stuurden. Ze denken nu dat af en toe, in gang gezet door een onbekende prikkel, dit oeroude dierlijke systeem opnieuw aanschakelt waardoor de cel zich ongecontroleerd gaat delen. Een kankergezwel is volgens hen daarom te vergelijken met primitieve dieren als waterpoliepen die ook uit een klein stukje weer helemaal uit kunnen groeien.

Klopt dit? Zo ja, hoe gebruiken we deze kennis?
Collega-onderzoekers vinden de theorie weliswaar elegant, maar zijn nog niet overtuigd. Zo hebben eenvoudige dieren als platwormen geen bloedvaten, kankergezwellen wel. Andere onderzoekers zijn voorzichtig enthousiast.
We kunnen ook niet ongestraft deze genen uitschakelen, omdat we in wezen nog steeds het bouwplan hebben van een lopende en pratende worm. Deze genen liggen aan de basis van de menselijke groei en ontwikkeling. Wel kan dit nieuwe paradigma wel eens het langgezochte wondermiddel om kanker uit te schakelen, de uit-knop voor tumorgroei, opleveren.

Met dit nieuwe paradigma, stellen Davies en Lineweaver, kunnen we biologische kennis gebruiken om kankerverwekkende genen te identificeren en hun onderlinge relatie uit te zoeken. Er bestaat namelijk een vrij nauwkeurig overzicht van de manieren waarop de metazoa (meercellige dieren) met groepen protozoa (eencellige dieren) en andere organismen verwant zijn.   

Er zijn uit de medische literatuur van vrijwel elke kankersoort, zelfs de dodelijkste, gevallen van spontane remissie bekend. Hebben patiënten of artsen, of de Voorzienigheid, in die gevallen door stom toeval de kill-switch van kanker omgezet?

Bron:
New Scientist
IOP Science